Indonésie je přehlíženým rodištěm profesionální paleoantropologie. V Evropě v polovině 19. století vědci poprvé objevili vyhynulý hominidní druh: neandrtálci. Ve skutečnosti je přesnější říci, že neandertálské fosílie byly nalezeny laiky, kteří je pak upozornili na známé anatomy. Teprve v roce 1890 došel vědec na pole a hledal hominidní kosti. Eugene Dubois, nizozemský lékař, odcestoval do Indonésie, pak do nizozemské kolonie, aby hledal lidské předky. V roce 1891 objevil fosílie Homo erectus a učinil lov hominidů řádným úsilím - a z Asie učinil cíl pro paleoantropology.
Trinil: Duboisovy objevy se objevily poblíž vesnice Trinil v centrální Javě. Jeho prvním nálezem byla lebka, která je známá až do doby 700 000 až 1 milionu let. Lebka vypadala lidsky, ale měla silné kosti, těžké obočí a nízké, sklonené čelo. O rok později, v roce 1892, Dubois získal téměř kompletní stehenní kost, která vypadala téměř moderně. Rozhodl se, že kosti patří k vyhynulému druhu, který byl „chybějícím spojením“ mezi lidoopy a lidmi. Pojmenoval druh Pithecanthropus erectus („erect ape man“). Tento druh se někdy nazývá Java Man a dnes se nazývá Homo erectus .
Ngandong: Nizozemští vědci objevili více fosilií H. erectus, představujících 15 jednotlivců, v Javě ve 30. letech poblíž vesnice Ngandong na jávské sólové řece. Až donedávna si paleoantropologové mysleli, že kosti Ngandong představují velmi nedávnou populaci H. erectus . Předpokládali, že jsou možná mladí před 30 000 až 50 000 lety, mohli být tito hominidi současníky neandrtálců a moderních lidí žijících v Evropě a západní Asii. Ale novější analýzy v terénu a datování naznačují, že hominidé Ngandong žili mnohem dříve, někdy před 143 000 až 546 000 lety.
Mojokerto: V roce 1936 asistent ve spolupráci s Holandským geologickým průzkumem objevil částečné lebky dvou až tříletého dítěte ve východní Jávě. Člen týmu Ralph von Koenigswald, německý paleontolog, rozpoznal lebku jako nález k časnému hominidu H. erectus . Ačkoli v posledních letech byla zpochybněna přesná poloha a tedy i věk fosílie, vědci si obecně myslí, že lebka Mojokerto je asi před 1, 8 miliony let. Díky tomu je jednou z nejstarších hominidních kostí, jaké kdy byly v Africe.
Sangiran: V letech 1937-1941 našel von Koenigswald další fosílie H. erectus v místě Sangiranu v centrální Javě. Nálezy zahrnovaly tři částečné lebky, částečné čelisti a desítky izolovaných zubů. Tyto fosílie, které se datovaly před více než milionem let, pomohly potvrdit platnost statusu druhu H. erectus . Dnes mohou turisté navštívit fosilní lokalitu, která je domovem probíhajících vykopávek, stejně jako muzeum.
Flores: Poslední objev hominidů v Indonésii byl velkým šokem. V roce 2004 skupina vědců z Indonésie a Austrálie oznámila, že na indonéském ostrově Flores našli neobvyklou sbírku fosilií. Kosti patřily hominidovi s malým mozkem, který stál méně než čtyři stopy a vážil méně než 70 liber - přesto některé fosílie byly staré jen 17 000 let. Vědci se rozhodli, že „Hobit“ patří k novému druhu, Homo floresiensis . Jakmile předek druhu, možná H. erectus, přišel na ostrov, vyvinul se hominid jako přizpůsobení k životu na malém ostrově. Kritici však tvrdí, že Hobit je ve skutečnosti moderní člověk s určitým druhem poruchy růstu.
