Zatímco se HMS Beagle zastavil v přístavu St. Julian v Patagonii, Charles Darwin shromáždil některé fragmenty kostí, které předběžně identifikoval jako náležející „nějakému velkému zvířeti, mám rád Mastodona“. Když se však kost kostí nohou a kousky páteře vrátily do Anglie, pozdější studie odhalila, že zvíře bylo úplně jiné stvoření, které připomínalo velkého velblouda nebo lamu s dlouhým krkem a zvlněným, tapirovitým nosem. Anatomist Richard Owen to nazval Macrauchenia patachonica .
Na své cestě Darwin také objevil Toxodon platensis, který měl tělo těžkých nosorožců, tvář hrocha a zuby hlodavce. Tato podivná zvířata z pleistocénu byla fascinující, ale donedávna nikdo nemohl přijít na to, kam přesně je umístit do rodokmenu savců, uvádí Jo Marchant pro Nature News . Byli to kopytníci - část velké skupiny kopytníků, která obsahuje koně, prasata, jeleny a hrochy. Byli to však spíše jako afričtí sloni a aardvarkové nebo jako jihoameričtí armadillos a lenivci? Ani novější metody konstrukce živočišných stromů pomocí DNA nemohly pomoci: kosti neměly dostatek DNA k analýze.
Výzkumný tým si však uvědomil, že kosti mají svazky strukturovaného proteinu - kolagen, který se nachází v kůži, šlachách a drží pohromadě svalovou tkáň. Odpověď poskytla podrobná analýza kolagenu seškrábaného z kostí těchto prastarých kopytníků. Marchant píše:
Tým nejprve postavil kolagenový rodokmen, který rozdělil kolagenové sekvence různých savců na základě jejich rodinných vztahů. Vědci museli získat a sekvencovat kolagen z tapírů, hrochů a aardvarků, aby si vytvořili svůj obrázek. S tím v ruce sekvenovali kolagen ze čtyř vzorků kopytníků ze dvou různých muzeí v Argentině - dvou vzorků Toxodonu ve věku kolem 12 000 let a dvou makrauchenií, které nemohly být uhlíkem datovány - a porovnávaly staré proteiny s jejich stromem.
Obě velká zvířata patří do stejné skupiny jako koně, tapíry a nosorožci, zvaná Perissodactyla. Macrauchenia podobné lama a Toxodon jako nosorožec mají nyní taxonomický domov. Vědci publikovali svá zjištění v Nature .
Úspěch týmu nemusí být jediný, který umožňuje analýza starověkých proteinů. Dnešní nástroje jsou lepší než kdy jindy při vytahování kousků proteinu ze starých vzorků a jejich měření. Marchant píše:
Proteiny by také mohly být užitečné pro studium vyhynulých druhů, které žily nedávno v teplejších prostředích, kde jsou studie o DNA obtížné: co [bioarcheolog Matthew Collins z University of York, Velká Británie] popisuje jako „divná a úžasná“ zvířata kolem pozdního pleistocénu, od trpasličí sloni a obrovští hlodavci indonéského ostrova Flores do obrovských australských ještěrek a klokanů.
Pro vymezení linií nedávno zaniklých zvířat Collins říká, že analýza starověkých proteinů „by mohla loď opravdu rozhoupat“.
